Основателями музея Пярну являются балтийские немцы, горожане, создавшие в 1896 году Общество Любителей Старины города Пярну (Pernauer Alterthumforschende Gesellschaft) с целью исследования и сохранения местной истории. Коллекция, за счет покупок и пожертвований, со временем выросла, и 3 ноября 1896 года на первом главном собрании Общества Любителей Старины было принято решение открыть ее для широкой публики.
Так, музей, ранее доступный только узкому кругу лиц, в 1909 году был перевезен в здание по адресу Элеванди 7. Это здание сгорело в сентябре 1944-го, в ходе второй мировой войны. Во время пожара коллекция сильно пострадала, многие уникальные экспонаты оказались уничтожены. Однако большую часть скрытых богатств Пярнуского уезда все-таки удалось спасти.
В 1939-1940 годах Общество Любителей Старины было ликвидировано, и имущество музея пришлось передать специально созданному учреждению. В ходе событий июня 1940-го музей был национализирован. Начиная с 1944 года, после начала советской оккупации Эстонии, музей располагается в своем нынешнем здании по адресу Аиа 4. Это двухэтажное кирпичное здание было построено для размещения коммерческих площадей на первом, и для жилых помещений на втором этаже. Сейчас они преобразованы в помещения для экспозиций.
В 1948 году прошла первая научная экспедиция музея. Целью экспедиции был избран остров Кихну, и в качестве художника работал график Олев Соанс.
Затем, по проекту архитектора Миа Массо, дом был перестроен в соответствии с музейными требованиями того времени, и 22 сентября 1971 открылась новая стационарная экспозиция. Но для музейных нужд и коллекции места в доме становилось слишком мало. Коллекция музея насчитывала уже 83 160 экспонатов, плюс материалы, накопленные за последние годы в ходе археологических полевых работ.
Новым местом расположения музея в свою очередь стал реконструированный сарай XIX века на берегу реки Пярну, по адресу Айда 3.
Обновленный краеведческий музей Пярну предлагает гостям традиционные и интерактивные решения для того, чтобы они смогли пройти через все 11 тысячелетий истории Эстонии, еще со времен Пуллийского поселения; узнать о жизни отдыхающих господ, о провозглашении Эстонской Республики; а также ознакомиться с укладом жизни и торговыми обычаями ганзейского города. Кроме экспозиций, в музее имеется целый этаж для проведения тематических выставок, богатое историческими впечатлениями кафе, и множество развлечений для всей семьи!
Музей Пярну имеет филиал – Мемориальный музей эстонской поэтессы Лидии Койдула, который располагается в школьном здании постройки XIX века в Пярну, по адресу Яннсени 37.