Музей расположен в здании построенной в 1850 году Пярнуской школы Юлейые, в этом самом здании жил Й.В. Яннсен (1850-1863 гг), и здесь же находилось издательство 'Perno Postimees'. Здание находится под охраной Департамента защиты памятников старины. Главная задача музея – сохранить память о таких замечательных людях как Йоханн Вольдемар Яннсен и его дочь Лидия Койдула, и передать посредством экспозиции особенности жизни и деятельности жителей эстонских деревень в контексте национального пробуждения Эстонии.
Здание школы Юлейые уже с 1924 года отмечено мемориальной доской с текстом: «В этом доме жил Й.В. Яннсен (1850-1863 гг), здесь прошло детство его дочери Лидии Койдула». Музей Л. Койдула был открыт здесь 21 июля 1945 года.
Как результат почти полугодовой напряженной работы знатока литературы Карла Михкла, выставка представляет великого поэта эпохи национального пробуждения Эстонии точно в духе того времени, в котором он жил, работал и боролся. Поначалу музей занимал только те две комнаты, в которых проживали Яннсены, еще 2 комнаты отошли музею в 1951 году, а в 1959-м уже открылась новая экспозиция. Рядом с домом также был разбит сад. Экспозиция обновлялась еще раз в 1966 году. И только к 1974 году школьное здание целиком перешло во владения музея. Появились новые возможности для преобразований, главным из которых на тот момент стало обустройство классной комнаты Яннсена.
Прежняя экспозиция пережила немало мелких и крупных ремонтных работ и, в целом, при поддержке лишь незначительных обновлений сохранялась в течение 22 лет. Наиболее важным событием в истории музея в того времени стали 300 спектаклей «Час духов на улице Яннсена» в классной комнате – несколько тысяч эстонцев посетили пярнуский дом Л. Койдула.
В связи с проведением очередных ремонтных работ в последнем квартале 1998 года была начата подготовка новой экспозиции. Спустя год основная ее часть была готова.
Появилась новая концепция в обстановке и оформлении музея, а вход в музей был перенесен так, что посетители стали заходить со стороны улицы, прямо в классную комнату.
Как таковая, эта новая дверь стала знаком современного значения дома. Кабинет Й.В. Яннсена, долгие годы служивший канцелярией, обрел свой исторический облик. Таким образом, была достигнута целостность архитектурного образа для всего восточного крыла школы – в духе Яннсеновского времени.
Мемориальный музей Лидии Койдула является филиалом Пярнуского музея.